Boğaziçi direnişi gösetrmiştir ki Türkiye’de üniversitelerin başlıca ve önemli sorunlarından biri “varlığını sürdürme” sorunudur. Bunun yanı sıra üniversitelerin özerkliği ve akademinin özgürlüğü de aynı derecede önemli bir sorun olarak devam etmektedir.